De um modo geral, espera-se que o resultado seja o nascimento de um novo estado.
A adesão de segunda-feira não foi tão elevada como no primeiro dia, domingo, mas correspondentes dizem que os sudaneses parecem ter a mesma determinação.
Alguns deles revelaram que estavam a votar pelos amigos e familiares que foram mortos em décadas de guerra civil com o norte.
Na segunda-feira, pelo menos trinta pessoas, muitas delas polícias, foram mortas em confrontos na disputada região central sudanesa de Abyei, que é rica em petróleo e reclamada tanto pelo norte como pelo sul.
Abyei vai realizar o seu próprio referendo para decidir a sua preferência mas ainda nada foi organizado.
Segundo o correspondente da BBC no Sudão, é provável que a área se torne no centro de qualquer conflito armado que se possa a vir desencadear no futuro.
O antigo Presidente norte-americano, Jimmy Carter, que está a observar o referendo, disse que a violência em Abyei é localizada e não reflecte o ambiente nacional:
"As milícias nas áreas remotas de um país fazem o que querem mesmo que vá contra a política do governo central."
Para que o referendo seja válido é necessário que pelo menos 60% dos eleitores registados participem no escrutínio.
Também no sul do Sudão a observar este processo está o embaixador António Monteiro, membro do painel da ONU de monitorização do referendo sudanês.
Em entrevista à BBC, ele disse que a divisão do Sudão em dois países é um processo excepcional que não se adapta a outras nações africanas onde há - ou houve - facções em conflito.
BBC – 11.01.2011