Em Março de 1967, a Policia de Segurança Portuguesa, a PIDE, decidiu interrogar o Padre Mateus Pinho Gwenjere. O relatório da PIDE emitido depois do interrogatório dizia que o Padre Gwenjere “considerava os seus deveres do sacerdócio como contrários aos seus deveres de cidadão português”, não podendo assim dissuadir aos nativos que seguiam para Tanzânia para se juntarem à FRELIMO. Continuando, o relatório observou que, com este “silêncio implícito”, o Padre Gwenjere dava “uma aprovação tácita” às pessoas que se juntavam àquele movimento.
Em 3 de Junho de 1967, quatro meses após a morte do Bispo da Beira, o Padre Charles Pollet foi expulso de Moçambique. Por sua vez, o Padre Gwenjere recebeu uma carta do Vigário Geral da Diocese da Beira, informando-o que estava sendo transferido da Missão de Murraça para a Paróquia de Macuti, na Cidade da Beira.
Temendo que o pior lhe acontecesse, decidiu deixar Moçambique para a Tanzânia para se juntar ao movimento de libertação da FRELIMO. Segundo os arquivos da PIDE, em 12 de Junho de 1967, o Padre escreveu uma carta confidencial ao Vigário Geral, informando-o que pretendia deixar o país em segredo.
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